食品饮料企业常用的消毒方式为甲醛熏蒸消毒、含氯类消毒剂、臭氧消毒等方式。
空气消毒作为车间消毒的重中之重，必须谨慎处理，目前很多厂家采用的是甲醛熏蒸配合杀孢子剂，但是甲醛熏蒸的危害性大，甲醛熏蒸的强毒性残留会长时间存在于洁净区内，会造成产品的重复污染，对操作人员健康和环境造成长久的潜在危害。并且在熏蒸之后要长时间通风，待气味消散后人员才能进入洁净区，造成了生产效率降低。
含氯类消毒剂虽然初次消毒效果较好，但不具备长久效应，不具备抑菌作用，不适合长期使用。氯类消毒剂受环境温度、光照等多种参数影响，效果较难控制，且会改变ph值，影响食品口味等，不适合食品厂使用。臭氧会促使橡胶类密封老化、其残留浓度要求小于0.16mg/m3,在此浓度时，难以测试和控制。臭氧消毒总体效果较差，且比较难控制。
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