避免冷饮冰淇淋微生物指标不合格，应先从原因、机理、制度等几个方面着手。
据分析冰淇淋理化指标不合格，最常见的就是菌落总数超标及大肠杆菌杆菌超标。为了避免或防止冰淇淋的二次污染，在严格控制加工工艺操作的同时，应注意以下几点：
1、原辅材料的污染 在加工冰淇淋时，奶制品、蛋制品、甜味剂、稳定剂及香精等在贮存过程中会污染上一定的细菌，甚至有耐热芽孢菌。加上原料在贮运、加工过程中受到外来污染，大大增加了混合料中的细菌数。虽然经过高温杀菌，但不能完全将细菌杀死，并且污染越严重，杀菌越困难，残留在混合原料中的细菌就多
2、空气污染 含菌的空气二次污染冰激凌，而原采用的臭氧、紫外线等也不能同步开机使用。
3、包装的污染 包装材料在加工储运过程中一般不是十分卫生的，易被细菌污染。所以除将包装物妥善保管外，还必须在使用前经过严格的杀菌消毒。
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