避免冰淇淋微生物指标不合格，应先从原因、机理、制度等几个方面着手。
据分析冰淇淋理化指标不合格，最常见的就是菌落总数超标及大肠杆菌杆菌超标。为了避免或防止冰淇淋的二次污染，在严格控制加工工艺操作的同时，应注意以下几点：
1、原辅材料的污染 在加工冰淇淋时，奶制品、蛋制品、甜味剂、稳定剂及香精等在贮存过程中会污染上一定的细菌，甚至有耐热芽孢菌。加上原料在贮运、加工过程中受到外来污染，大大增加了混合料中的细菌数。虽然经过高温杀菌，但不能完全将细菌杀死，并且污染越严重，杀菌越困难，残留在混合原料中的细菌就多
2、设备污染 由于设备在投产前未能很好消毒，特别是在混合物料经杀菌后与设备密切接触，如果消毒不彻底，将可能造成产品微生物超标
3、操作人员的污染 冰淇淋生产中的细菌数与操作人员的个人卫生好坏有密切关系，进入操作间时不消毒，工作服等不消毒，不按卫生要求操作，都会把细菌带入生产车间。
4、空气污染 含菌的空气二次污染冰激凌，而原采用的臭氧、紫外线等也不能同步开机使用。
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